Höfuðstöðvar Landgræðslunnar eru í Gunnarsholti á Rangárvöllum. Landgræðslustjóri situr í Gunnarsholti og þar er aðsetur landverndarsviðs, þróunarsviðs og skrifstofu fjármála og rekstrar. Í Gunnarsholti er fræverkunarstöð sem annast framleiðslu og verkun á fræi til landgræðslu.

Landgræðslan starfrækir héraðssetur í Gunnarsholti, á Hvanneyri, Sauðárkróki, Húsavík og Egilsstöðum og er með starfsstöð í Reykjavík.